水冷板散热器是个矛盾的混合体，一方面它的复杂安装，对动手能力的高难度挑战，正是DIY玩家着迷之处；另一方面水冷板散热器安装复杂，也是普通玩家不能接受它的最大阻碍。虽说，目前水冷板散热器的设计更加科学，安装更加方便，可是易用性依然没有水冷板散热器优秀。CPU水冷头的安装依然要拆装主板；显卡水冷头的安装需要考虑防止水嘴与显卡的电气元件接触导致短路；还要考虑给水泵和换热排找一个安装位置，这很有可能就得对机箱动刀了；而且复杂的水冷管道盘踞在机箱内部，打理起来非常费劲。这些对于有一定经验的DIY玩家都是一个挑战，更不用说普通的家庭用户了。
水冷板散热器的使用具有一定的危险性，主要的危险因素就是漏水。提起漏水，受过水灾的玩家一定会咬碎口中钢牙，将使用水冷板散热器从产品到厂商狠狠地骂一遍。确实是，水冷板散热器一旦漏水，后果不堪设想。其实目前正规水冷厂商配置的水冷液是经过严格测试，绝对绝缘的。只是，很多用户会在水冷液消耗殆尽时，自己动手配制，这样就保证不了水冷液的绝缘性，一旦漏水很可能将主板和CPU等核心配件烧毁。另外，水冷板散热器中源源不断循环的水冷液会随着时间慢慢消耗，这就需要用户多加观察，防止水位过低影响散热。目前高端的水冷板散热器中大都加入了低水位报警，能够避免这类事故的发生。还有一种比较悲惨的情况，水冷板散热器的水泵可能发生故障或者发生水流受阻的情况，使得水冷循环停滞，严重影响散热，但是这种情况一般不会发生。并且已经有厂商生产了观测水流情况的水流计，帮助用户实时掌握水流情况。
